Elle fut construite à l'emplacement actuel, par ordre de Charles Quint, qui fit détruire l'ancienne église "hors les murs", la rebâtit à l'emplacement actuel où elle fut achevée en 1545... la tour en 1611. Elle subit de nombreuses destructions au cours des année 1917-1918 et fut aussitôt reconstruite ( 1924-27) par l'architecte Lillois, Louis-Marie Cordonnier qui a écrit : " Je voulais donner aux Béthunois leur vieille église ressuscitée, rajeunie, plus vivante que jamais, triomphante même"

L'église Saint-Vaast de Béthune possède depuis 1930 un orgue de facture industrielle construit par les Etablissement Krisher de Lille. Cet orgue est muet depuis 1970.
Durant l'été 2001, l'église voit l'installation de son nouvel orgue, inauguré le 28 septembre,

Quelques aspects techniques : construction par l'entreprise helvétique Freytag
Quatre buffets ; hauteur du buffet principal : 10 mètres. 55 m3 de chêne et d'épicéa.
90 peaux de mouton., 3 tonnes d'étain et de plomb. 11 100 heures de travail (sans la tribune).
Poids : 12 tonnes. Plus de 3 000 tuyaux...

Les vitraux, inscrits M.H., retracent l'histoire de Saint-Vaast et usent d'anachronismes pour évoquer l'histoire moderne de la cité.