L'entrée des grottes est à proximité du centre du bourg.

Située à l'extrême nord de l'Isère, la Balme-les-Grottes est située à 45 km de Lyon ou de Bourg-en-Bresse, et à 98 km de Grenoble. Le village est accessible par la route départementale RD65, depuis Hières-sur-Amby, au sud ou, Lagnieu, au Nord.

La limite ouest de la commune est arrosée par le Rhône. Plusieurs ruisseaux, dont le ruisseau de la Laye, affluents du Rhône, traversent le territoire communa